С началом Великой Отечественной войны сотрудники редакции перешли на казарменное положение. Подводники и лётчики, катерники и артиллеристы, морские пехотинцы, зенитчики и разведчики, словом, все на флоте — от рядового матроса до командующего – каждое утро с нетерпением ждали очередной номер флотской газеты.

В настоящее время редакция газеты флота «На страже Заполярья» является структурным подразделением центрального печатного органа Минобороны России газеты «Красная звезда» и входит в состав ФГБУ «РИЦ «Красная звезда» Минобороны РФ.